大野川水系一級水系
- 大野川
五ヶ瀬川水系一級水系
- 五ヶ瀬川
- 五ヶ瀬渓谷・高千穂峡・真名井の滝・天翔大橋・綱ノ瀬橋梁
- 日之影川
- 見立渓谷・森林セラピー基地 日之影町
- 祝子川
- 祝子川渓谷
- 北川
- 行縢川
- むかばきの滝
小丸川水系一級水系
- 小丸川
大淀川水系一級水系
- 大淀川
- 高崎川
- 高原町
- 沖水川
- 長田峡
- 庄内川
- 関之尾滝
- 岩瀬川
- 三之宮峡・野尻湖（岩瀬ダム）
- 本庄川
- 小野湖（綾南ダム）・照葉大吊橋・綾の照葉樹林・綾町森林セラピー・綾町
川内川水系一級水系
- 川内川
- 狗留孫峡
耳川水系二級水系
- 耳川
- 尾前渓谷・日向椎葉湖（上椎葉ダム）・日向市美々津・椎葉村
- 十根川
- 仲塔渓谷・椎葉村十根川
一ツ瀬川水系二級水系
- 一ツ瀬川
- 杉安峡
広渡川水系二級水系
- 広渡川
- 日南市飫肥・癒しの郷・チェリータウン北郷
- 猪八重川
- 猪八重渓谷・癒しの郷・チェリータウン北郷
名貫川水系二級水系
- 名貫川
- 矢研の滝
石並川水系二級水系
- 石並川
- 庭田水源の森
広瀬川水系一級水系
- 広瀬川
- 酒谷川
- 酒谷の坂元棚田及び農山村景観
