吉野川水系一級水系
- 吉野川
- 奥吉野渓谷・白猪谷渓谷・早明浦湖（早明浦ダム）・大橋貯水池（大橋ダム）・さめうら湖（早明浦ダム）・吉野川源流の森・本山町
- 瀬戸川
- 瀬戸川渓谷
- 汗見川
- 南小川
- 龍王の滝
渡川水系一級水系
- 四万十川
- 四万十川流域の文化的景観下流域の生業と流通・往来・四万十川流域の文化的景観中流域の農山村と流通・往来・四万十川流域の文化的景観上流域の農山村と流通・往来・四万十川流域の文化的景観上流域の山村と棚田・四万十川流域の文化的景観源流域の山村・四万十川・四万十とおわ
- 梼原川
- 太郎川公園・神在居の千枚田
- 目黒川
- 四万十川源流の森
- 北川川
- 枝が谷川
- 四国カルスト天狗高原自然休養林
- 梼原川
- 北川
- 枝ヶ谷川
仁淀川水系一級水系
- 仁淀川
- 茶霧湖（大渡ダム）
- 中津川
- 中津渓谷
- 土居川
- 大桐川
- 大樽の滝
- 勝賀瀬川
- 中追渓谷
- 上韮生川
- 西熊渓谷
- 安居川
- 安居渓谷
- 岩屋川
- 岩屋川渓谷
物部川水系一級水系
- 物部川
- 別府峡・奥物部湖（永瀬ダム）・べふ峡温泉
安芸川水系二級水系
- 安芸川
- 安芸市土居廓中
奈半利川水系二級水系
- 奈半利川
- 馬路村
