淀川水系一級水系
- 青蓮寺川
- 奥香落渓・曽爾村
- 宇陀川
- 室生湖（室生ダム）・宇陀市松山
- 布目川
- 布目湖（布目ダム）
- 室生川
- 鶴ヶ池の森
大和川水系一級水系
- 大和川
- まほろば湖（初瀬ダム）
- 飛鳥川
- 橿原市今井町・奥飛鳥の文化的景観・奥明日香・稲渕
- 布留川
- 青垣湖（天理ダム）
紀の川水系一級水系
- 紀の川
- おおたき龍神湖（大滝ダム）・五條市五條新町・悠久の風景、吉野の道・吉野町
- 津風呂川
- 津風呂湖（津風呂ダム）
新宮川水系一級水系
- 熊野川
- みたらい渓谷・谷瀬の吊り橋・十津川温泉・湯泉地温泉・玉置山・桑畑果無・十津川村・十津川郷・玉置神社社務所及び台所
- 北山川
- 瀞峡・池原貯水池（池原ダム）・吉野路 上北山
- 滝川
- 笹の滝
- 東ノ川
- 中の滝
日高川水系二級水系
- 日高川
